El coronavirus que infectó a más de 1,3 millones de personas en todo el mundo y ya mató a casi 80.000 personas no es exactamente el mismo que el que se contagiaron los más de 377.000 estadounidenses, los 130.000 italianos o los 1.628 argentinos al día de hoy. A medida que este se va propagando y pasa de un huésped a otro, sufre mutaciones.
Esto fue comprobado hace varias semanas por distintos laboratorios alrededor del mundo que pudieron secuenciar el virus que está presente en sus países o ciudades. Y este vital logro llegó a la Argentina, donde se conoció que nuestro país ha logrado secuenciar 3 genomas del virus SARS-CoV-2, que originalmente apareció en noviembre de 2019 en un mercado de animales vivos y muertos en Wuhan, China.
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La secuenciación del genoma del nuevo coronavirus la realizaron los científicos del Departamento de Virología del Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas de la ANLIS (Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud) Malbrán, quienes pudieron comparar sus estudios con el genoma identificado por científicos chinos el 14 de enero y por los que se aislaron en muchos otros países en las últimas semanas.
El organismo tiene la capacidad de hacer la vigilancia del virus, es decir, el rastreo nacional de su esparcimiento y la capacidad para procesar las muestras de casos sospechosos que se vayan remitiendo a la institución, con el objetivo de “descartar si es influenza y, en el caso de que no lo sea, proseguir con el procedimiento para desestimar que no se trate de algún otro coronavirus.
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La plataforma Nextstrain, un sitio científico colaborativo de código abierto para todos los laboratorios y personas del mundo, ha elaborado un mapa con todos los secuenciamientos genéticos del nuevo coronavirus realizado hasta ahora, y en donde se observa que tres genomas de éste fueron identificados en Argentina como los circulantes.
El científico Martín Vázquez, biólogo molecular e investigador del Conicet, explicó a Infobae la importancia de esta secuenciación local.
“Se trata de un gran logro de los investigadores del Instituto Malbrán, que desde hace varias semanas vienen trabajando con la secuenciación original china y la información de las muestras del virus circulante en Estados Unidos, Europa y varios países del mundo. En la medida en que sepamos los genomas que están circulando en Argentina, más nos podemos anticipar a las medidas necesarias para abordar este problema”, precisó Vázquez.
El investigador indicó que el genoma de un virus es de ARN. Y que cuando se realiza un hisopado a una persona a través de la técnica llamada PCR, la misma no lee la secuencia total del virus. Solamente detecta si lo ve o no. En cambio, la secuenciación permite leerlo y por ello detectar el virus y su genoma.
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“Una secuenciación genómica nos sirve para hacer la vigilancia del virus. Si éste muta y cómo. Los virus van cambiando algunas letras de su genoma a medida que se esparcen y multiplican. Son errores que se producen al azar al reproducirse. Con la técnica de la secuenciación genética, se puede hace la genealogía del virus y seguir sus mutaciones. A ese proceso se lo llama filogenia molecular”, afirmó el especialista.
Y agregó: “En este mapa donde se registraron los 3 genomas argentinos, se pueden identificar uno que ertenece a China, uno a Europa y otro a la parte oeste de EEUU. Con más genomas detectados circulando en el país, se pueden rastrear los orígenes de cada uno y realizar modelos predictivos y probabilísticos para anticipar varios problemas, como circulación del mismo, realizar mapas de movilidad y hacer vigilancia epidemiológica”.
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El científico, que trabaja hoy en Rosario, donde se encuentra la mayor plataforma de secuenciación genómica del país, trabaja desde hace varios años en la secuenciación de genomas de distintas enfermedades en Heritas, una empresa que fundó y ahora busca también secuenciar genomas del SARS-CoV-2.
“A fin de mes esperamos obtener los reactivos provenientes de EEUU para comenzar a secuenciar genomas a más escala, lo que nos permitirá obtener más información de esta enfermedad a nivel nacional y detectar más genomas”, sostuvo el experto.
En la plataforma internacional donde se exhibe el mapa, explican que “esta filogenia muestra las relaciones evolutivas de los virus del SARS-CoV-2 de la nueva pandemia de coronavirus COVID-19 con su aparición inicial en Wuhan, China, en noviembre de 2019, seguida de una transmisión sostenida de persona a persona que conduce a infecciones múltiples”.
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Según aclaran, aunque las relaciones genéticas entre los virus muestreados son bastante claras, existe una considerable incertidumbre en torno a las estimaciones de las fechas de transmisión y en la reconstrucción de la propagación geográfica. Los patrones de transmisión inferidos específicos son solo una hipótesis que deberán confirmarse con más estudios posteriores.
En el mapa, la numeración del sitio y la estructura del genoma utilizan Wuhan-Hu-1/2019 como referencia, donde la filogenia tiene sus raíces en la ciudad china, en relación con las primeras muestras detectadas.
Objetivo del estudio genómico
Los expertos del Instituto Malbrán realizaron el estudio para conocer la dinámica y diversidad de la población viral de SARS-CoV-2 y las rutas de transmisión en Argentina.
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Después de tomar las muestras de pacientes argentinos infectados, las mismas fueron fueron derivadas al Laboratorio Nacional de Referencia en el marco de la vigilancia nacional de COVID-19. El resultado fue enviado al Global Initiative on Sharing All Influenza Data, GISAID, entidad que aprobó el estudio de forma inmediata.
GISAID es una iniciativa público-privada, con sede en Alemania, que promueve el intercambio internacional de todas las secuencias del virus de la influenza y datos clínicos y epidemiológicos relacionados con virus humanos. Con información geográfica y específica busca ayudar a los investigadores a comprender cómo evolucionan y se propagan los virus.
La información obtenida a partir de la secuenciación genómica completa de pacientes argentinos con COVID-19, realizada por el Servicio de Virosis Respiratorias y la Plataforma de Genómica y Bioinformática de INEI-ANLIS, será útil para asegurar la calidad del diagnóstico, complementar la vigilancia epidemiológica y contribuir al desarrollo de una fórmula vacunal representativa de las cepas circulantes en nuestro país y la región.
Según expertos, poder secuenciar en el país permitirá realizar reactivos en la Argentina justo en momentos en que son escasos a nivel mundial debido a la pandemia de coronavirus.
